園區由於植被形態的多樣性，海拔由 1000 至 3000 公尺差異所形成的林相與天候形態，大部份面積末經人為干擾破壞，因此可提供動物豐富的食物來源與適當的保護及棲地，構成一穩定的食物網，使本區的動物資源豐富，蘊含相當多的生物相，含括 32 種哺乳類、 97 種鳥類、 14 種爬行類、 6 種兩棲類、 16 種淡水魚與 89 種蝴蝶。 如櫻花鉤吻鮭、台灣黑熊、帝雉、藍腹鷴、台灣山 椒魚、寬尾鳳蝶及升天鳳蝶等與珍貴的野生動物如台灣獼猴、山羌、台灣長鬃山羊、台灣野豬、水鹿等。將復育櫻花鉤吻鮭為主要目標，除了以保育為基本目的外，更要進一步維護棲地環境與加強環境教育的宣導，使民眾瞭解復育和保育的意義與重要性。 園區初步調查有維管束植物 1103 種，稀有植物 61 種，依植被型態分為： 一‧ 高山寒原 ( 指在森林界限以上地區之低矮灌叢或草本植物 ) 二‧ 亞高山針葉林帶 ( 分布於 2900 至 3600 公尺，以玉山圓柏與台灣冷杉具代表 ) 三‧ 冷溫帶山地針葉林帶 (2000 至 3000 公尺，以鐵杉林及散生之雲杉次生演替之松樹和草生地 ) 四‧ 暖溫帶針葉混生林 (2000 至 2700 公尺間，紅檜、台灣扁柏等針葉樹混生 ) 五‧ 暖溫帶針闊葉混生林 (1000 至 3000 公尺，為針葉樹與闊葉樹種之交會帶 ) 六‧ 暖溫帶常綠闊葉林 ( 分布 2500 公尺以下，組成分子複雜，可分為櫟林帶與楠櫧林帶，為台灣植物種類最豐富之社會 ) 七‧暖溫帶落葉闊葉林 ( 分布於 1000 至 2500 公尺之間，主要樹種有台灣赤楊、台灣紅榨槭、栓皮櫟、台灣胡桃等 )